关于自然资源部关于新旧《土地管理法》的适用问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确新修正的《土地管理法》已经于2020年1月1日起开始施行。新法在土地征收程序等方面做出了重大的完善和调整，例如规定地方政府在申请土地征收前应当完成现状调查、社会稳定风险评估、公告、听证、登记以及签订补偿协议等程序。这些新的规定意味着原《征收土地公告办法》中的“两公告一登记”等主要制度已经不再适用，并已被及时废止。

对于新旧《土地管理法》的具体适用，可以遵循以下原则：

1. 新法实施前的土地违法行为：

   • 如果根据原《土地管理法》不构成土地违法行为，但新法规定为土地违法行为的，那么仍然适用原《土地管理法》。
   • 如果原《土地管理法》规定为土地违法行为，但新法不再视为违法行为的，那么适用新法。
   • 如果根据原《土地管理法》和新法都构成土地违法行为的，那么将适用处罚较轻的法律。

2. 新法实施前的非法占地行为：

   • 如果这种非法占地行为在新法实施后仍然持续，并在非法占用的土地上构筑建筑物和其他设施的，那么将依照新法进行处理。

3. 新法实施后的土地违法行为：

   • 一律依照新法进行处理。

此外，自然资源部在推动新修正的《土地管理法》全面实施过程中，还进行了相关的规章清理工作。这包括废止了与新修正的《土地管理法》不符的内容，贯彻了建设用地审批制度改革精神，并对行政执法、听证方面的部门规章进行了整合。这些工作都是为了更好地适应新法的实施，确保土地管理工作的顺利进行。

总的来说，对于新旧《土地管理法》的适用问题，需要根据具体的行为时间和行为性质来判断。同时，随着新法的实施和相关规章的清理完善，我们也期待土地管理工作能够更加规范、高效地进行。