关于国土资源部（现自然资源部）在查处土地违法行为时如何适用《土地管理法》的相关问题，这是一个涉及土地管理法律执行与监督的重要议题。以下是我根据现有法律法规及实践操作，为您提供的详细解答：

一、总体原则与目标

在查处土地违法行为时，自然资源主管部门（原国土资源部门）的主要目标是规范土地管理秩序，保护土地资源，并确保《土地管理法》等相关法律法规得到有效执行。这一过程中，必须坚持公正、公开的原则，确保事实清楚、证据确凿、定性准确、依据正确、程序合法、处罚适当。

二、管辖权限与立案条件

1. 管辖权限：

   • 土地违法案件主要由不动产所在地的县级自然资源主管部门管辖。
   • 对于跨县或重大复杂的案件，可能由设区的市级或省级自然资源主管部门负责。
   • 全国性重大案件或由自然资源部交办的案件，则由自然资源部直接管辖。

2. 立案条件：

   • 必须有明确的行为人。
   • 存在违反《土地管理法》等土地管理法律法规的事实。
   • 依法应当追究法律责任。
   • 案件属于本部门管辖和职责范围内处理。

三、调查与取证

1. 调查人员要求：

   • 案件调查人员需不少于两人，并应主动向当事人或有关人员出示执法证件。

2. 取证措施：

   • 调查人员有权要求被调查的单位或个人提供有关文件和资料。
   • 可以询问当事人及相关人员，进入违法现场进行检查、勘测、拍照、录音、摄像等。

3. 证据种类：

   • 包括物证、书证、视听资料、电子数据、证人证言、当事人陈述、调查笔录和勘测笔录等。
   • 证据必须查证属实，形成完整证据链，足以证明违法事实。

四、审理与处理决定

1. 审理流程：

   • 土地违法案件应由土地管理部门领导集体审议，实行行政首长负责制。
   • 审议过程应制作笔录，并由参加审议的成员签名。

2. 处理决定：

   • 根据审议结果，土地管理部门可以作出撤销立案、作出行政处罚决定、提请公安机关处理或移送司法机关追究刑事责任等处理决定。
   • 行政处罚决定可能包括责令退还非法占用土地、没收违法所得或建筑物、罚款、限期拆除或恢复土地原状等。

五、送达与执行

1. 送达方式：

   • 处理决定应直接送交当事人及利害关系人签收。
   • 若当事人拒绝签收，则需邀请有关基层组织或所在单位的代表到场见证送达。

2. 执行监督：

   • 作出决定的机关应督促当事人履行处罚或处理决定。
   • 若当事人不自觉履行，可以申请法院强制执行，如拆除违法建筑等。

六、法律责任与救济途径

1. 执法人员责任：

   • 执法人员若滥用职权、徇私舞弊，将依法给予处分；构成犯罪的，将追究刑事责任。

2. 当事人救济途径：

   • 当事人对行政处罚决定不服的，可以在60日内向本级政府或上级部门申请行政复议。
   • 也可以在6个月内向法院提起行政诉讼。

七、实践中的注意事项

1. 时效问题：

   • 违法行为在2年内未被发现的不再处罚（连续或继续状态除外）。

2. 自由裁量权：

   • 罚款幅度等处罚措施需结合情节轻重进行裁量，如是否配合调查、是否造成严重后果等。

3. 协作机制：

   • 在查处土地违法行为时，自然资源主管部门应联合公安、司法、农业农村等部门，形成执法合力。

八、地方实施细则

各地可能会根据《自然资源行政处罚办法》等上位法制定具体的实施细则，如《上海市土地违法案件查处办法》等。这些细则在遵循总体原则的基础上，会结合地方实际情况进行具体规定，以确保法律的有效实施和适应性。

综上所述，自然资源主管部门在查处土地违法行为时，必须严格遵循《土地管理法》等相关法律法规和程序要求，确保查处工作的合法性、公正性和高效性。同时，各地也应根据实际情况制定具体的实施细则，以更好地适应和应对地方性的土地违法问题。