公司未经员工同意在员工不在时查宿舍还要拍照的行为，可能构成对员工隐私权的侵犯，通常被视为不合法。具体分析如下：
隐私权的保护：根据《民法典》的相关规定，每个人都享有隐私权，任何机构或个人均不可通过侵犯、干扰、泄漏、公开等方式破坏他人的隐私权。员工宿舍在一定程度上具有私人领域的性质，公司应当尊重员工的隐私权。
合法管理目的的考量：若公司出于合法的管理目的，如检查宿舍的安全、卫生等，并且事先已经充分告知员工将进行摄影，且拍照行为未涉及员工的个人隐私，那么这种行为可能不构成违法。然而，在实际操作中，公司很难证明其拍照行为完全出于管理目的，且未侵犯员工隐私。
员工同意的必要性：在大多数情况下，公司应当征得员工的同意才能进行宿舍拍照。如果公司未经员工同意擅自拍摄，尤其是当照片涉及到员工的个人隐私时，便可能构成侵权行为。
法律后果：如果公司的拍照行为被认定为侵犯员工隐私权，公司可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿员工的损失、公开道歉等。
综上所述，公司在员工不在时查宿舍还要拍照的行为，如果未经员工同意且涉及员工隐私，通常被视为不合法。公司应当尊重员工的隐私权，避免采取可能侵犯员工隐私的行为。如果员工认为自己的隐私权被侵犯，可以向公司提出异议，必要时可以寻求法律途径维护自己的权益。