针对“挂职超过年限怎么处理”的问题，首先我们需要明确，挂职期限通常是由组织部门或相关机构根据实际需要和规定来设定的，并且会在挂职锻炼的相关文件或通知中明确说明。一般来说，挂职期有一定的弹性范围，但也会设定最长挂职期限。
以您提供的《湖州市供销合作社联合社挂职锻炼人员管理暂行办法》为例，该办法中明确规定：“挂职期一般为1-2年，最短不少于3个月，最长不超过3年。”对于挂职超过这一年限的情况，该办法并未直接给出处理措施，但我们可以结合相关规定和常见做法进行推断。
提交书面申请：如果挂职人员因特殊原因需要延长挂职期限，应首先向挂职单位提交书面申请，说明延长挂职的原因和必要性。
组织审批：挂职单位在收到申请后，会根据实际情况进行审批。审批过程中可能会考虑挂职人员的工作表现、原单位意见、挂职单位的需求以及相关规定等因素。
按规定处理：如果挂职单位同意延长挂职期限，那么会按照相关规定办理延长手续。如果不同意，则挂职人员应在规定时间内结束挂职，并返回原单位工作或根据组织安排进行其他工作。
特殊情况处理：对于因特殊原因（如工作需要、个人表现优异等）需要继续挂职的，可以由挂职单位与组织部门协商，根据实际情况作出特殊处理。
综上所述，挂职超过年限的处理方式通常需要遵循相关规定和程序，由挂职人员提出申请，经挂职单位审批，并根据实际情况作出相应处理。如果挂职人员未按规定结束挂职或未经批准擅自延长挂职期限，可能会受到相应的纪律处分或组织处理。因此，建议挂职人员在挂职期间严格遵守相关规定和纪律要求，确保挂职工作的顺利进行。