如果善意取得的发票被税务部门认定为虚开，首先需要保持冷静，并按照税务部门的指引进行配合处理。以下是一些具体的应对步骤和建议：

一、了解虚开发票的定义与后果

虚开发票指的是开具与实际经营业务情况不符的发票，这包括为他人、为自己或让他人开具不符合实际情况的发票。根据相关法律法规，对于取得的虚开发票，应不予抵扣进项税款或不予出口退税；已经抵扣或取得的退税款，应依法追缴。不过，如果是“善意”取得虚开发票，通常不会存在滞纳金或罚款。

二、配合税务部门的调查

1. 提供资料：

   • 准备与涉案发票相关的所有业务资料和财务资料，如发票原件、业务合同原件、会计记账凭证、付款凭证（如银行对账单）、运输单据、出入库记录、增值税申报表、勾选抵扣明细等。

2. 接受询问：

   • 财务负责人、会计、出纳等相关人员应如实反映情况，回答税务稽查人员的调查询问。

三、处理善意取得虚开发票的具体措施

1. 转出抵扣的税额：

   • 如果已经抵扣了增值税进项税额，应将其转出。未来如果能够重新取得合法有效的增值税专用发票，仍然允许进行增值税抵扣。

2. 证明善意取得：

   • 关键在于证明购货方与销售方之间存在真实的交易。可以通过检查核对发票内容与业务资料是否相符，以及保存必备的业务、财务资料来备查。

四、加强取票风险防范

为避免未来再次遇到类似问题，可以从以下几个方面加强取票风险防范：

1. 关注供应商异常：

   • 在签订合同前，通过天眼查、企查查等工具查询供应商的企业信息，关注其是否存在违法行为、失信行为或异常经营情况。

2. 拒绝现金支付：

   • 在合同中明确拒绝现金支付方式，以减少因资金流无法自证清白而带来的风险。

3. 留存相关信息：

   • 合同履约完毕后，归档保存购销合同、供应商营业执照复印件、交货单据等原始资料，以及购销双方业务人员的姓名、联系方式、身份证复印件等信息。

五、保持与税务部门的沟通

在整个处理过程中，保持与税务部门的良好沟通至关重要。如果有任何疑问或需要进一步的帮助，应及时向主管税务机关咨询或提出核实申请。

总之，面对善意取得的发票被认定为虚开的情况，关键在于积极配合税务部门的调查，提供充分的证据证明自己的善意，并加强未来的取票风险防范措施。