核心结论：善意取得虚开发票超过5年，在法律上仍可能面临税务机关的调查与处罚，但具体处理方式需结合实际情况，包括是否已申报抵扣、税务机关是否已发现及处理、是否存在其他违法行为等因素综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若已申报抵扣且税务机关未发现：

   • 税务风险：即使超过5年，若税务机关在后续检查中发现该虚开发票，仍可能要求企业补缴税款、滞纳金，并可能处以罚款。因为税务机关的追征期虽一般为3年或5年，但对于偷税、抗税、骗税等违法行为，追征期不受此限制。
   • 处理建议：企业应主动自查，若发现存在善意取得虚开发票的情况，即使已超过5年，也应考虑主动向税务机关申报并补缴税款，以减轻可能的法律后果。同时，加强内部税务管理，避免类似情况再次发生。

2. 若已申报抵扣且税务机关已发现并处理：

   • 法律后果：若税务机关在5年内已发现并处理了该虚开发票问题，企业通常已接受了相应的税务处罚，如补缴税款、滞纳金及罚款等。超过5年后，除非存在新的证据或情况，否则税务机关一般不会再次追征。
   • 处理建议：企业应确保已完全履行税务机关的处理决定，并保留好相关证据和文件，以备后续可能的税务检查或审计。

3. 若未申报抵扣：

   • 税务风险：若企业未将虚开发票用于申报抵扣税款，且税务机关未发现该虚开发票，从税务角度看，企业可能未直接面临税务处罚的风险。但虚开发票本身是违法行为，若被税务机关或其他相关部门发现，仍可能面临法律责任。
   • 处理建议：企业应立即停止使用该虚开发票，并考虑向税务机关报告该情况，以表明其善意取得且未用于非法目的的态度。同时，加强发票管理，确保未来取得的发票真实、合法。

4. 存在其他违法行为：

   • 法律后果：若企业在善意取得虚开发票的同时，还存在其他违法行为，如偷税、逃税等，且这些行为被税务机关发现，那么即使虚开发票问题已超过5年，企业仍可能面临严重的法律后果，包括刑事处罚。
   • 处理建议：企业应立即停止所有违法行为，并主动向税务机关申报并补缴税款及滞纳金。同时，考虑咨询专业律师，以评估可能的法律风险并制定应对策略。

总结与提醒：善意取得虚开发票超过5年并不意味着企业可以完全免除法律责任。企业应始终遵守税收法律法规，加强内部税务管理，确保发票的真实性和合法性。若遇到相关问题或疑虑，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。