针对违规发放奖金的问题，整改工作需从多个方面入手，以确保合规性并防止类似问题再次发生。以下是一些建议的整改步骤：

一、立即停止违规行为

首先，必须立即停止所有违规发放奖金的行为。这包括但不限于超标准、超范围发放奖金，以及以缴纳保证金等形式兑付各类考核奖等。确保所有奖金的发放都严格遵循公司规定和国家相关法律法规。

二、全面自查与清理

1. 开展全面自查：组织相关部门和人员对近年来奖金发放情况进行全面自查，特别是要重点关注可能存在的违规发放情况。
2. 清理违规资金：对于自查中发现的违规发放奖金，应立即进行清理，并追回已发放的违规资金。同时，要对相关责任人进行严肃处理。

三、制定整改方案

1. 明确整改目标：根据自查结果，制定详细的整改方案，明确整改目标、时间节点和责任人。
2. 完善制度规范：修订和完善奖金发放的相关制度规范，确保所有奖金的发放都有明确的依据、标准和范围。同时，要加强对制度执行情况的监督，确保制度得到有效落实。

四、加强监督与问责

1. 加强内部监督：建立健全内部监督机制，加强对奖金发放过程的监督和管理。通过定期审计、专项检查等方式，确保奖金发放的合规性。
2. 强化问责机制：对于违规发放奖金的行为，要严肃追究相关责任人的责任。特别是对于顶风违纪、屡教不改的行为，要从严从重处理，以儆效尤。

五、建立长效机制

1. 加强教育培训：定期开展合规教育和培训活动，提高员工对合规发放奖金的认识和重视程度。
2. 建立举报机制：鼓励员工积极举报违规发放奖金的行为，并设立专门的举报渠道和奖励机制，以保护举报人的合法权益。
3. 持续跟踪评估：定期对整改情况进行跟踪评估，确保整改措施得到有效落实，并及时调整和优化整改方案。

综上所述，整改违规发放奖金的问题需要从多个方面入手，包括立即停止违规行为、全面自查与清理、制定整改方案、加强监督与问责以及建立长效机制等。通过这些措施的实施，可以有效遏制违规发放奖金的行为，维护公司的合规运营和良好形象。