请求公司变更登记纠纷案件是可以进行调解的。在处理这类纠纷时，通常首选的方式是通过协商来解决，这实际上就是一种调解的过程。

调解可以在纠纷双方之间直接进行，也可以邀请第三方（如专业调解机构或律师）来协助调解。调解的目的是为了达成一个双方都能接受的解决方案，从而避免进一步的法律诉讼。

如果协商或调解无果，纠纷仍然无法解决，那么当事人可以选择通过诉讼的方式来寻求法律救济。在这种情况下，他们会向法院提起诉讼，请求法院判决公司办理相关变更登记手续，或者确认其股东资格及股权等。

值得注意的是，无论是协商调解还是诉讼解决，都需要依据相关的法律法规来进行。在处理请求公司变更登记纠纷时，主要依据的是《公司法》及最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》的相关规定。

总的来说，请求公司变更登记纠纷是可以通过调解来解决的，而且调解通常是一种更为高效、经济且能维护双方关系的方式。如果调解无果，再考虑通过法律诉讼来维护自己的合法权益。