关于“劳动合同中约定违反劳动纪律罚款是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、罚款与违约金的区别及合法性

1. 罚款：通常作为行政处罚措施，由法律、法规授权的行政主体实施。在劳动合同中，非行政主体（即用人单位）直接对劳动者设定罚款可能涉及法律问题。

2. 违约金：是合同中双方基于自愿原则约定的违约责任条款，旨在保障合同的顺利履行。只要该条款不违反法律法规的强制性规定，且金额设定合理，即为合法有效。

二、劳动合同中的罚款约定

在劳动合同中，用人单位不能随意对劳动者进行罚款。然而，用人单位可以依法通过民主程序制定规章制度，对劳动者的违纪行为设定包括一定经济处罚在内的措施。但这种处罚必须严格遵循以下原则：

• 合法性：处罚措施必须符合法律规定，不能违反劳动法等相关法律法规。
• 程序性：规章制度必须经过民主程序制定，且需经过公示并告知全体员工。
• 合理性：处罚措施应当合理，与劳动者的违纪行为及其造成的后果相适应。

三、实际案例与应用

以工厂规章制度为例，如果工厂规定员工工作时间内擅自离岗需支付一定的经济处罚（类似于罚款），这一规定在以下条件下是合法的：

• 规章制度的制定经过了民主程序。
• 规章制度已经公示并告知了全体员工。
• 经济处罚的数额合理，与违纪行为及其后果相适应。

四、建议与总结

• 明确表述：在劳动合同中，关于违约责任的约定应明确表述为“违约金”，而非“罚款”。
• 遵循法律：用人单位在制定规章制度时，应确保处罚措施符合法律规定，并遵循民主程序和公示要求。
• 合理设定：经济处罚的数额应合理设定，与违纪行为及其后果相适应，避免过高或过低的处罚。
• 法律咨询：如遇劳动合同纠纷或争议，建议及时咨询专业律师以获取具体的法律意见和帮助。

综上所述，劳动合同中约定违反劳动纪律的“罚款”在特定条件下可能是合法的，但更准确的表述应为“违约金”，且必须严格遵循法律规定和合理性原则。