当特殊约定条款与格式条款发生冲突时，应当优先适用特殊约定条款。以下是对这一结论的详细阐述：

1. 定义及特性：

   • 格式条款：由一方当事人预先拟定，并在订立合同时未与对方充分协商的条款，通常用于重复使用。
   • 特殊约定条款：合同双方在订立合同时，经过平等、自愿的协商达成的一致内容，直接反映了双方的特定需求和协商成果。

2. 约定优先的合理性：

   • 意思自治：特殊约定条款是双方协商一致的产物，体现了双方的真实意图和意思自治原则。
   • 个性化需求：特殊约定条款能够满足双方的特定需求，而格式条款往往具有普遍性，难以完全契合每个交易的特殊情况。
   • 利益平衡：通过协商达成的特殊约定条款，更有可能实现双方利益的平衡。

3. 法律依据：

   • 《中华人民共和国民法典》明确规定：“格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。”这一规定为特殊约定条款的优先适用提供了明确的法律支持。

4. 特殊情况的考量：

   • 如果特殊约定条款存在违反法律法规强制性规定等无效情形，那么该约定条款不会发生法律效力。此时，应依据相关法律法规进行处理。

综上所述，在合同纠纷中，当特殊约定条款与格式条款发生冲突时，应当优先适用特殊约定条款。这一原则不仅符合合同法的意思自治原则，而且能够更好地契合双方的真实意图和利益平衡。同时，也提醒合同双方在订立合同时，应充分协商并明确特殊约定条款的内容，以避免后续的纠纷。如有任何关于合同纠纷的问题，欢迎直接向我咨询。