职工对停工留薪期有争议时，可以申请劳动能力鉴定委员会确认延长停工留薪期。具体说明如下：
申请流程：
- 工伤职工申请延长停工留薪期的，应在停工留薪期满前3日内向本单位提出书面申请，并提交工伤医疗机构出具的休假证明。
- 经用人单位同意后，可以延长停工留薪期。若用人单位对工伤职工申请延长停工留薪期有异议，应在接到申请后7日内向区、县劳动能力鉴定委员会申请确认。
- 用人单位未在规定时间内提出异议的，视为同意延长停工留薪期。
劳动能力鉴定委员会的作用：
- 劳动能力鉴定委员会负责根据职工受伤的具体情形，包括受伤的部位、严重程度、治疗过程等实际情况，综合确定停工留薪期。
- 若职工或用人单位对停工留薪期有争议，可向设区市劳动能力鉴定委员会提出确认申请。
- 对设区市劳动能力鉴定委员会确认的停工留薪期不服的，自收到确认通知之日起15日内，可向省级劳动能力鉴定委员会申请再次确认。
停工留薪期间的权益保障：
- 在停工留薪期内，用人单位不得与工伤职工解除或终止劳动（聘用）关系，但职工依法自愿提出解除或者终止劳动（聘用）关系的除外。
- 劳动能力鉴定委员会做出确认结论前，工伤职工享受停工留薪期的待遇。
综上所述，职工对停工留薪期有争议时，完全可以通过申请劳动能力鉴定委员会来确认或延长停工留薪期，以保障自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。