招标代理费应由谁来支付，这个问题在实际操作中确实存在一定的灵活性和争议。以下是对这一问题的详细解析：

一、支付原则与法规依据

1. 支付原则：

   • 根据原国家计委发布的《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续相关通知，招标代理服务费用原则上应由招标人支付。
   • 但同时也允许招标人、招标代理机构与投标人之间另有约定，即可以通过协议的方式确定由中标人支付。

2. 法规依据：

   • 《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格〔2002〕1980号）第十条规定了“谁委托谁付费”的原则。
   • 国家发展改革委办公厅发布的《关于招标代理服务收费有关问题的通知》（发改办价格〔2003〕857号）进一步明确了招标人可以支付代理费，也允许通过约定由中标人支付。

二、实际操作中的情况

1. 招标人支付：

   • 在许多情况下，招标人会选择自行支付招标代理费，以确保招标过程的独立性和公正性。
   • 这种方式有助于避免招标代理机构与中标人之间可能产生的利益纠葛。

2. 中标人支付：

   • 也有一些招标文件会规定招标代理费由中标人支付，这通常是在招标人与招标代理机构事先达成协议的基础上进行的。
   • 这种方式下，招标代理机构在收取费用时可能会更加积极，因为费用直接与中标结果挂钩。

三、由中标人支付的利弊分析

1. 利：

   • 对招标人而言，可以减轻财务负担，特别是当项目规模较大、招标代理费用较高时。
   • 有助于招标人更加专注于项目的其他核心事务。

2. 弊：

   • 可能引发市场调节价机制的失衡，因为招标人可能不再关心招标代理费的具体数额。
   • 对招标人来说存在廉政风险，因为招标代理机构为了承揽业务可能会采用不正当手段。
   • 加重了中标人的负担，特别是当同一项目划分多个标段时，每个标段的中标人都需要支付招标代理费。

四、建议与总结

1. 建议：

   • 相关部门应出台制度，明确规定特别是国有投资项目实行“谁委托谁付费”制度，以减轻中标人的负担并优化营商环境。
   • 招标人在选择招标代理机构时应引入竞争机制，综合考虑服务质量、收费标准等因素择优选用。

2. 总结：

   • 招标代理费的支付方式应根据具体情况灵活确定，既要考虑招标人的实际情况和利益诉求，也要避免给中标人带来过重的负担。
   • 在实际操作中应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保招标过程的公正、透明和合法合规。