在申请国家赔偿期间，如果被再审认定有罪，其国家赔偿申请通常会被驳回。以下是对此结论的详细解释和法律依据：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国国家赔偿法》第十九条的相关规定，如果赔偿请求人因同一事实已经被刑事追诉或者执行刑罚，且该刑事追诉或刑罚执行被依法撤销或宣告无罪，其有权提出国家赔偿申请。然而，如果赔偿请求人在申请国家赔偿期间，因同一事实被再审认定有罪，那么其原先提出的国家赔偿申请将不再成立，因为国家赔偿的前提是无罪或刑罚被撤销。

2. 逻辑分析：

   • 国家赔偿制度的设立，旨在保护公民、法人和其他组织因国家机关及其工作人员行使职权时的错误行为而遭受的损害。当赔偿请求人被再审认定有罪时，意味着其原先的无罪状态或刑罚被撤销的状态已经改变，因此其不再符合国家赔偿的申请条件。
   • 在此情况下，赔偿义务机关通常会驳回赔偿请求人的申请，因为再审的有罪判决已经改变了原有的法律事实状态。

3. 实践应用：

   • 在实际操作中，如果赔偿请求人在申请国家赔偿期间被再审认定有罪，赔偿义务机关会依据上述法律规定和逻辑分析，作出驳回赔偿申请的决定。
   • 赔偿请求人如果对驳回决定不服，可以依法向上一级国家机关申请复议或者向人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。

综上所述，在申请国家赔偿期间，如果被再审认定有罪，其国家赔偿申请通常会被驳回。这是基于国家赔偿法的相关规定以及逻辑分析得出的结论。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。