如果二手车商开低了发票，你可以通过收集证据，并按照起诉的流程向法院提起诉讼。下面是具体的分析和操作步骤：

一. 证据收集

1. 收集发票：首先，你需要收集所有与二手车交易相关的发票，包括开低了的发票。
2. 交易凭证：除了发票，还应收集其他交易凭证，如转账记录、交易合同等，以证明交易的真实性和金额。
3. 沟通记录：如果与二手车商有过关于发票问题的沟通，应保存好相关的聊天记录或邮件等，作为证据使用。

二. 起诉准备

1. 确定诉讼请求：根据你的实际情况，确定你的诉讼请求，比如要求二手车商补开发票、赔偿损失等。
2. 撰写起诉状：根据收集到的证据和确定的诉讼请求，撰写起诉状，明确阐述事实和理由。
3. 准备证据材料：将收集到的证据材料进行整理，并准备多份副本，以便在法庭上使用。

三. 向法院提起诉讼

1. 提交起诉状和证据：将撰写好的起诉状和整理好的证据材料提交给有管辖权的法院。
2. 等待法院受理：法院在收到起诉状后，会进行审查，如果符合立案条件，会受理并通知你。
3. 参与庭审：在庭审过程中，你需要根据法官的引导，陈述事实和理由，出示证据，并与二手车商进行质证和辩论。

四. 法律依据

• 《中华人民共和国发票管理办法》第二十条：销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。如果二手车商未按照实际交易金额开具发票，违反了该规定。
• 《中华人民共和国消费者权益保护法》第五十五条：经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失。如果二手车商开低发票构成欺诈，你可以要求其赔偿损失。

我建议，在起诉前，你可以先尝试与二手车商进行协商，看是否能够通过和解的方式解决问题。如果协商无果，再按照上述步骤向法院提起诉讼。如有进一步需要，您可以继续咨询我。