扣留甲方货物并要求超额支付货款是违法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同法基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，当事人应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。
   • 扣留货物并要求超额支付货款，显然违背了合同法的诚实信用原则和全面履行原则。

2. 货物买卖合同的具体规定：

   • 在货物买卖合同中，买方有义务支付货款，卖方有义务交付货物。
   • 如果卖方扣留货物并要求买方超额支付货款，这实际上是在单方面变更合同内容，违反了合同法的相关规定。

3. 法律后果：

   • 如果卖方扣留货物并要求超额支付货款，买方有权拒绝，并可以依法追究卖方的违约责任。
   • 买方还可以选择通过法律途径，如起诉或仲裁，来维护自己的合法权益。

4. 实际案例：

   • 在实践中，类似的行为往往被视为违约行为，法院或仲裁机构会根据合同的具体内容和双方的举证情况，作出相应的裁决。

综上所述，扣留甲方货物并要求超额支付货款是违法的，违反了合同法的基本原则和货物买卖合同的具体规定。如果遇到这种情况，建议甲方及时咨询专业律师，通过法律途径来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。