非全日制用工违反公司制度被扣工资是否合法，需要根据具体情况来判断。

首先，我们要明确的是，无论是全日制还是非全日制用工，都应当遵守公司的合法规章制度。如果公司制度是在合法合规的前提下制定的，且明确规定了违反制度应扣除工资的条款，同时扣除工资的数额合理、与违反制度的行为相匹配，那么这种扣除工资的行为通常是合法的。例如，制度规定因员工迟到早退每次扣除一定数额的工资，且该规定符合行业惯例和公平原则。

然而，如果公司制度存在不合理之处，如规定过于严苛、扣除数额过高，或者制度本身违反了法律法规，如强制规定员工加班却不支付加班工资等，那么这种扣除工资的行为就可能不合法。此外，即使公司制度中有相关规定，但在执行过程中也必须确保扣除工资的行为不违反相关法律法规，如《劳动法》中关于工资支付的规定。

因此，对于非全日制用工违反公司制度被扣工资的情况，我们需要综合考虑以下几个方面：

1. 公司制度的合法性：公司制度是否合法合规，是否经过了合法的制定和公示程序。
2. 违反制度的行为与扣除工资的匹配性：员工违反制度的行为是否严重到需要扣除工资的程度，以及扣除的数额是否合理。
3. 法律法规的遵守：扣除工资的行为是否违反了相关法律法规的规定。

综上所述，非全日制用工违反公司制度被扣工资是否合法，需要根据具体的公司制度、员工违反制度的行为以及相关法律法规来判断。如果你在这方面遇到了问题，可以详细向我说明情况，我会为你提供更具体的法律分析和建议。