员工手册中约定综合工时是否有效，取决于多个因素，包括但不限于该约定是否符合法律法规、是否经过劳动行政部门批准以及是否与劳动者进行了充分协商等。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规的遵循：

   • 根据《劳动法》及相关规定，企业可以实行标准工时制、综合计算工时制或不定时工作制。但综合计算工时制和不定时工作制需要经过劳动行政部门的批准。
   • 因此，员工手册中若约定了综合工时，首先需要确认该约定是否已经过劳动行政部门的批准。若未经批准，则该约定可能无效。

2. 与劳动者的协商：

   • 即便企业有权实行综合工时制，也需要在与劳动者充分协商的基础上进行。这通常意味着企业需要在劳动合同或员工手册中明确告知劳动者相关的工作时间安排，并征得劳动者的同意。
   • 若员工手册中的综合工时约定未经与劳动者充分协商，或劳动者对此表示异议，则该约定可能因违反协商一致的原则而无效。

3. 具体条款的合法性：

   • 员工手册中的综合工时约定还需要符合法律法规关于工作时间、休息休假等具体规定。例如，不能违反每日工作时间不超过8小时、每周工作时间不超过44小时等基本原则。
   • 若员工手册中的约定违反了这些具体规定，则该部分约定可能无效。

综上所述，员工手册中约定综合工时是否有效，需要综合考虑多个因素。建议企业在制定员工手册时，务必遵循法律法规的要求，与劳动者进行充分协商，并确保具体条款的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。