当公司无法继续运营并需要考虑怀孕员工的赔偿问题时，必须依据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》及《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规来处理。以下是针对此问题的详细解答：
一、法律基础与原则
根据相关法律法规，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。若公司违法辞退怀孕员工，需承担相应的法律责任。
二、赔偿方式与标准
恢复劳动关系：
- 如怀孕女职工要求继续履行劳动合同，公司应撤销解除劳动合同的决定，双方继续履行原劳动合同。
- 此期间造成的工资收入损失，公司需按原工资标准支付，并补缴社会保险和住房公积金。
支付赔偿金：
- 若怀孕女职工不要求继续履行劳动合同，或劳动合同已无法继续履行，公司需支付赔偿金。
- 赔偿金计算方式为：经济补偿金 × 2。其中，经济补偿金根据劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
其他相关赔偿：
- 医疗费用：若因解雇导致孕妇在孕期或生产期间产生额外的医疗费用，这些费用应由公司承担。
- 三期（孕期、产期、哺乳期）工资损失：公司需支付至哺乳期结束的工资，按解除合同前12个月平均工资计算。
- 生育保险待遇差额补偿：若因公司未缴纳社保导致无法申领生育津贴，需补足产假期间工资与生育津贴的差额。
- 精神损害赔偿：法院可能根据具体情况判决公司支付一定的精神损害赔偿金。
- 其他损失：如失业期间的生活费用、寻找新工作的费用等合理支出，也可要求公司赔偿。
三、特殊情形处理
- 经济性裁员例外：在怀孕女工属于绝对优先留用人员，不得纳入裁员名单。
- 协商解除的特殊限制：即使双方协商一致解除合同，也需确保协议内容不违反“三期”保护原则。
- 合同到期顺延机制：劳动合同期满时若处于孕期/产期/哺乳期，自动延续至哺乳期结束。
四、维权途径与建议
- 怀孕员工应先与公司协商解决赔偿事宜。
- 协商不成时，可向当地劳动保障监察部门投诉（电话：12333），或通过劳动争议仲裁委申请仲裁。
- 对仲裁结果不服的，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。
- 在整个过程中，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议和帮助。
综上所述，公司在处理怀孕员工赔偿问题时，必须严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。同时，员工也应依法维权，确保自身权益不受侵害。