劳动合同薪酬结构中包含年休假补助是合理的。以下是对这一结论的详细解释：

法律背景

根据《劳动法》及《职工带薪年休假条例》的相关规定，职工在符合一定条件的情况下，有权享受带薪年休假。这是法律赋予劳动者的合法权益，用人单位应当予以保障。

合理性分析

1. 法律合规性：将年休假补助纳入薪酬结构，是用人单位对劳动者带薪年休假权益的一种具体体现。这种做法符合法律法规的要求，确保了劳动者的合法权益得到落实。

2. 激励作用：年休假补助作为薪酬的一部分，可以激励劳动者更加积极地工作。通过提供额外的经济补偿，用人单位可以鼓励劳动者在享受休假权益的同时，也保持对工作的热情和投入。

3. 灵活性：将年休假补助纳入薪酬结构，使得用人单位在薪酬管理上更加灵活。用人单位可以根据自身的经营状况和劳动者的实际需求，合理调整薪酬结构中的年休假补助部分，以满足不同劳动者的个性化需求。

4. 避免纠纷：明确将年休假补助纳入薪酬结构，并在劳动合同中予以明确约定，可以有效避免因年休假问题而引发的劳动争议。这种做法有助于维护用人单位与劳动者之间的和谐关系，促进企业的稳定发展。

实际操作建议

1. 明确约定：用人单位在制定劳动合同时，应明确将年休假补助纳入薪酬结构，并具体说明补助的标准、发放方式等细节。

2. 合规操作：用人单位应确保年休假补助的发放符合法律法规的要求，不得随意克扣或拖欠劳动者的年休假补助。

3. 定期评估：用人单位应定期对薪酬结构进行评估和调整，以确保其适应企业发展和劳动者需求的变化。

综上所述，劳动合同薪酬结构中包含年休假补助是合理的，这种做法既符合法律法规的要求，又能够激励劳动者积极工作，同时也有助于维护用人单位与劳动者之间的和谐关系。