政府采购以与原系统作无缝对接作为实质性要求，这一做法在特定条件下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合法性依据：

   • 根据政府采购的相关法律法规，采购人可以根据采购项目的特点和需求，设定合理的实质性要求。这些要求应当与采购项目的性质、功能、用途等相匹配，并确保公平竞争。
   • 无缝对接作为实质性要求，通常是为了确保新采购的系统或设备与现有系统或设备能够顺利融合，从而发挥最佳效能。如果这一要求是基于采购项目的实际需求，并且没有违反法律法规的禁止性规定，那么它是合法的。

2. 需要注意的方面：

   • 明确需求：采购人在设定无缝对接作为实质性要求时，应当明确对接的具体标准、技术要求等，以便供应商能够准确理解和响应。
   • 公平竞争：这一要求不应构成对特定供应商的不合理限制或歧视。采购人应当确保所有符合条件的供应商都有机会参与竞争，并基于公平、公正的原则进行评选。
   • 合规性审查：在采购过程中，采购人应当对相关要求进行合规性审查，确保它们符合法律法规的规定，并且不会引发不必要的法律风险。

3. 可能的法律风险：

   • 如果无缝对接的要求过于苛刻或不合理，可能会导致符合条件的供应商数量减少，从而影响采购的效率和效果。
   • 如果这一要求被认定为违反了法律法规的禁止性规定，如构成对特定供应商的歧视或排除了其他符合条件的供应商，那么采购人可能会面临法律纠纷和处罚。

综上所述，政府采购以与原系统作无缝对接作为实质性要求在特定条件下是合法的，但采购人需要明确需求、确保公平竞争，并进行合规性审查，以避免可能的法律风险。如果你在这一领域有具体的法律问题或需要进一步的咨询，请直接向我提问。