母亲可以起诉父亲遗弃自闭症孩子。

在我国，遗弃罪是指对于年老、年幼、患病或者其他没有独立生活能力的人，负有扶养义务而拒绝抚养，情节恶劣的行为。构成遗弃罪必须具备以下条件：

1. 有法律上的抚养义务；
2. 有履行抚养义务的能力；
3. 有拒绝抚养的故意和行为；
4. 情节恶劣。

父亲作为孩子的亲生父母之一，对孩子负有法定的抚养义务。如果孩子患有自闭症，且父亲拒绝履行抚养义务，情节恶劣，那么母亲作为孩子的监护人，有权向人民法院提起刑事自诉，指控父亲犯有遗弃罪。

在起诉时，母亲需要准备充分的证据，如孩子的诊断证明、父亲的拒绝抚养行为证据等，以证明父亲确实存在遗弃行为。如果法院认定父亲犯有遗弃罪，将依法对其进行刑事处罚。

同时，母亲也可以考虑寻求其他法律途径来保护孩子的权益，如申请抚养费、要求父亲履行抚养义务等。在这些过程中，如果遇到困难或需要更具体的法律建议，母亲可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。