合法的抵顶房屋协议在特定情况下可以对抗后签订的合法合同。但这一结论并非绝对，具体还需根据两份合同的具体内容、签订背景以及相关法律法规进行综合判断。

1. 合同效力与签订顺序：

   • 一般来说，后签订的合同可能会因为新约定而变更或取代先前合同的某些条款，但这并不意味着后签订的合同在所有情况下都能优先于先签订的合同。
   • 合同的效力并不完全取决于签订的顺序，而是取决于合同内容是否合法、是否双方真实意思表示、是否违反法律法规的强制性规定等因素。

2. 抵顶房屋协议的特殊性：

   • 抵顶房屋协议通常涉及房产的转让或抵偿债务等复杂情况，其合法性及有效性需严格审查。
   • 如果抵顶房屋协议已经过相关部门登记备案，或者已经实际履行（如房屋已交付、过户等），那么其对抗后签订合同的能力可能会增强。

3. 具体案例分析：

   • 在实际案例中，法院会根据两份合同的具体内容、签订背景、履行情况等因素进行综合判断。
   • 如果抵顶房屋协议内容合法、有效，且已经实际履行或登记备案，而后签订的合同并未涉及或改变抵顶房屋协议的核心内容，那么抵顶房屋协议有可能对抗后签订的合同。

4. 法律建议：

   • 在涉及抵顶房屋协议与后签订合同之间的争议时，建议咨询专业律师进行详细分析。
   • 律师会根据具体情况，结合相关法律法规和案例，为你提供针对性的法律建议。

综上所述，合法的抵顶房屋协议在特定情况下可以对抗后签订的合法合同，但具体还需根据两份合同的具体内容、签订背景以及相关法律法规进行综合判断。如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询。