超时工作确实违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定，对劳动者的身心健康和合法权益都构成了侵害。以下是对超时工作违反劳动法及其处理方式的详细解答：
一、超时工作的法律规定
工时制度：
- 根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 《劳动法》第三十八条进一步规定，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。
加班程序与限制：
- 《劳动法》第四十一条规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需经与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊原因下，延长工作时间每日不得超过三小时，但每月累计不得超过三十六小时。
加班费支付标准：
- 《劳动法》第四十四条明确规定，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、超时工作的处理方式
劳动行政部门责令改正：
- 用人单位超时安排劳动者工作，劳动行政部门有权责令其改正，要求用人单位按照正常工作时间安排劳动者工作，并制定合理的工作制度，保障劳动者休息权。
支付加班费：
- 用人单位需按照《劳动法》第四十四条的规定，向劳动者支付相应的加班费。
处以罚款：
- 用人单位违法延长劳动者工作时间的，劳动行政部门可给予警告，责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。
劳动者可解除劳动合同并获补偿：
- 若用人单位长期超工时安排工作，严重损害劳动者权益，劳动者可依据法律解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
三、劳动者的权益保护
- 当用人单位存在超时工作或未按规定支付加班费的行为时，劳动者有权向劳动保障行政部门、工会或其他相关部门进行投诉举报。
- 相关部门将依法进行调查处理，确保劳动者的工时和薪酬权益得到保障。
综上所述，超时工作违反了《中华人民共和国劳动法》的多项规定，劳动者应充分了解自己的权益，并在权益受到侵害时积极寻求法律途径进行维权。同时，用人单位也应严格遵守劳动法规，保障劳动者的合法权益。