关于农民工专户备案章不注销是否有影响，这个问题主要涉及农民工工资专用账户的管理和规定。首先，我们需要明确农民工工资专用账户的作用和重要性。

农民工工资专用账户是施工总承包单位在银行开设的，专项用于支付本项目农民工工资的账户。这一制度的设计旨在通过“资金隔离、实名管理、多方监管”的闭环管理，保护农民工的权益，确保他们能够及时、足额地收到工资。同时，这一制度也推动了施工企业的规范化管理和建设行业的可持续健康发展。

现在，针对您的问题，如果农民工专户备案章不注销，可能会产生以下影响：

1. 法律风险：根据《保障农民工工资支付条例》及相关实施细则，施工总承包单位有责任和义务按照规定开设和使用农民工工资专用账户，并将相关信息报监管部门备案。如果备案章不注销，可能被视为未按规定进行账户管理，从而面临法律处罚，如罚款、项目停工、限制承接新工程、降低资质等级甚至吊销资质证书等。

2. 管理混乱：农民工工资专用账户的管理需要清晰、规范。如果备案章不注销，可能会导致账户管理混乱，难以追踪和监管资金的流向，进而影响到农民工工资的支付和权益保障。

3. 信誉损失：对于企业来说，信誉是非常重要的无形资产。如果因为农民工专户备案章不注销而导致法律纠纷或管理混乱，可能会对企业的信誉造成损害，影响其在业界的形象和声誉。

因此，建议施工总承包单位在工程项目结束后，及时按照相关规定办理农民工专户备案章的注销手续，以确保账户的合规管理和农民工权益的保障。如果您对此有进一步的疑问或需要具体的操作指导，建议咨询当地的人力资源社会保障行政部门或相关行业工程建设主管部门。