关于您提出的“农民工工资专户公章能否备案”的问题，这主要涉及到农民工工资专用账户的管理及其相关公章的使用与备案流程。以下是我根据现有政策与规定，为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，农民工工资专用账户是施工总承包单位在工程建设项目所在地银行业金融机构开立的，专项用于支付农民工工资的专用存款账户。这一账户的设立与管理，旨在确保农民工工资能够按月足额支付，是保障农民工权益的重要举措。

关于公章备案的问题，目前公开的政策文件中，并未直接提及农民工工资专户公章的备案要求。公章备案通常与企业的日常运营、合同签订等法律行为相关，而农民工工资专用账户的管理则更侧重于账户的开立、使用、撤销以及资金拨付等环节。

然而，从实际操作的角度来看，如果施工总承包单位在开设农民工工资专用账户时，需要使用公章进行相关文件的签署或确认，那么该公章应当是已经按照企业规定完成备案的合法公章。此外，如果当地人力资源社会保障部门或相关监管机构有特殊要求，比如要求施工总承包单位在开设专用账户时提供公章备案证明等文件，那么施工总承包单位应当按照要求提供。

另外，值得注意的是，虽然农民工工资专户公章的备案可能不是直接的政策要求，但施工总承包单位在开设和使用专用账户时，必须严格遵守相关政策规定，确保账户资金的安全和合规使用。这包括按时将人工费用拨付至专用账户、确保农民工工资按月足额支付、不得将专用账户资金转入非本项目农民工本人银行账户等。

如果您所在地区或项目有特殊的公章备案要求，或者您对农民工工资专用账户的管理有进一步的疑问，建议您直接咨询当地的人力资源社会保障部门或相关监管机构，以获取最准确、最权威的信息和指导。

综上所述，农民工工资专户公章的备案问题并非直接的政策要求，但施工总承包单位在开设和使用专用账户时，应确保公章的合法性和合规性，并严格遵守相关政策规定。如有特殊需求或疑问，建议咨询当地相关部门以获取具体指导。