关于农民工工资专户章是否需要备案的问题，这主要取决于当地的具体规定和操作流程。不过，我可以根据一些通用的规定和实际操作情况，给您一个较为详细的解答。

首先，农民工工资专用账户是施工总承包单位在工程建设项目所在地银行业金融机构开立的，专项用于支付农民工工资的专用存款账户。这一账户的设立，旨在保障农民工的劳动报酬权益，确保工资能够按时、足额支付。

在开设农民工工资专用账户的过程中，通常需要遵循一定的流程和规定。以重庆市为例，根据《重庆市工程建设领域农民工工资专用账户管理实施细则》的规定，总包单位应当在工程施工合同签订之日起30日内开立专用账户，并与建设单位、开户银行签订资金管理三方协议。专用账户开立后，总包单位需要在30日内将相关情况报相关行业工程建设主管部门备案。这里的备案，主要是指将专用账户的开立情况、资金管理三方协议等资料提交给主管部门进行登记和审查，以确保账户的合规性和有效性。

而在其他地区，如青川县，也有类似的规定。根据青川县的相关通知，总包单位在开设农民工工资专用账户后，需要立即与建设单位、银行签订管理协议，并报县人社局签章备案。只有经过备案后，建设单位和财政局才能拨付工程款和工资款。

综合来看，农民工工资专户章（或更准确地说，是农民工工资专用账户的开立情况及相关协议）通常是需要备案的。这一备案过程有助于主管部门对农民工工资支付情况进行监管，确保工资能够按时、足额支付给农民工。

当然，具体的备案流程和要求可能因地区而异。因此，在实际操作中，建议您咨询当地的人力资源和社会保障局或相关行业工程建设主管部门，以获取最准确、最权威的信息和指导。他们可以根据您的具体情况和所在地区的规定，为您提供详细的备案流程和所需材料清单。