在施工未完成且甲方停工的情况下，农民工专户一般不能注销。以下是对此问题的详细分析：

一. 农民工专户的性质与目的

1. 农民工专户是为了保障农民工工资权益而设立的专用账户，其主要目的是确保农民工能够按时足额获得工资。
2. 根据《保障农民工工资支付条例》第三条，农民工有按时足额获得工资的权利，任何单位和个人不得拖欠农民工工资。农民工专户作为这一制度的重要组成部分，其存在和运作都是为了维护农民工的合法权益。

二. 施工未完成与甲方停工的影响

1. 施工未完成：这意味着工程项目尚未达到预定的完成状态，因此与农民工相关的工资支付责任仍然存在。在此情况下，注销农民工专户可能会损害农民工的合法权益，因为他们可能尚未收到全部应得的工资。
2. 甲方停工：虽然甲方停工可能导致工程项目暂时或长期停滞，但这并不改变农民工已经付出劳动并应获得相应报酬的事实。因此，甲方停工并不是注销农民工专户的合法理由。

三. 注销农民工专户的条件

1. 一般情况下，农民工专户的注销应在工程项目完工、所有农民工工资已全部支付且无异议后进行。
2. 在注销前，应确保所有与农民工工资相关的支付义务已得到妥善履行，以避免任何潜在的纠纷或法律风险。

综上所述，在施工未完成且甲方停工的情况下，由于农民工的工资权益仍需得到保障，因此农民工专户一般不能注销。我的观点是，除非有明确的法律依据或相关部门的批准，否则在工程项目未完工且存在农民工工资支付责任的情况下，不应注销农民工专户。如有进一步需要，您可以继续咨询我。