核心结论：停工三年以上的项目农民工工资专户能否销户，需分情况讨论，具体如下：

1. 若项目已正式终止或解除合同
   根据《保障农民工工资支付条例》及相关地方规定，若项目因不可抗力、政策调整、发包方原因等正式终止，且经劳动保障行政部门、建设主管部门确认无拖欠农民工工资情形，可依法申请销户。销户时需提供项目终止证明、工资清算报告、无欠薪承诺书等材料，并经银行与监管部门审核。

2. 若项目仅停工但未终止合同
   若项目因资金链断裂、纠纷等原因长期停工，但合同未解除且存在复工可能，不得擅自销户。此时专户仍需保留，以保障复工后农民工工资支付。若擅自销户导致欠薪，企业可能面临行政处罚（如罚款、列入黑名单）及民事赔偿责任。

3. 地方性规定的特殊要求
   部分地区（如江苏、浙江）出台细则，要求专户保留期限延长至项目竣工验收后或欠薪纠纷解决后。例如，江苏省规定“专户保留至项目竣工验收且无欠薪争议后6个月”，此类情况下即使停工超三年，仍需遵守地方规定。

建议行动：

• 立即核查项目合同状态（是否终止/解除）及地方具体规定；
  
• 若符合销户条件，向当地人社部门提交销户申请，并同步通知开户银行；
  
• 若存在欠薪隐患，建议提前与农民工协商支付方案，避免法律风险。
  

如有进一步细节（如项目所在地、停工原因等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的指导。