因自身疾病在工作时发病瘫痪一般不算工伤。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况

通常而言，工伤是指在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害等情形。自身疾病并非因工作直接导致，所以单纯自身疾病发病，如瘫痪，不符合常规工伤认定条件。

二、视同工伤的情形

不过，也有特殊情况会被视同工伤。根据《工伤保险条例》第十五条第（一）项规定，职工在工作时间和工作岗位上，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的，将视同工伤。这一规定包含几个关键要素：

1. 工作时间：指法律规定的或者单位要求职工工作的时间。
2. 工作岗位：指职工日常所在的工作岗位，以及由本单位领导指派所从事的其他工作岗位。
3. 48小时的计算：“48小时”的起算时间以医疗机构的初次诊断时间为准。

因此，如果员工在工作时突发疾病，但并未在48小时内死亡或抢救无效死亡，那么这种情况通常不会被认定为工伤。

三、患职业病的情况

另外，如果员工所患疾病是职业病目录中规定的职业病，即使是自身患病基础上在工作中发作，如瘫痪，也可认定为工伤。因为职业病是由于职业活动中长期接触有毒有害因素等工作原因引起的。

四、建议与总结

对于员工而言，了解工伤认定的相关规定至关重要。如果不幸遭遇此类情况，应及时向我咨询，以便准确了解自己的权益并依法维护。同时，也建议员工平时多注意身体健康，定期进行体检，以减少突发疾病的风险。

综上所述，因自身疾病在工作时发病瘫痪一般不算工伤，但存在特殊情况，如突发疾病死亡或在48小时内抢救无效死亡，以及患职业病的情况。具体是否认定为工伤，需根据相关法律法规和实际情况进行判断。