结论前置：甲方公司对乙方公司人员日常考核扣款，并要求乙方公司管理人员承担赔偿，这一做法的合法性取决于具体的合同条款、劳动法规以及扣款行为的合理性。一般来说，若合同中有明确约定且扣款行为不违反劳动法规，则可能合法；若合同无约定或扣款行为违反劳动法规，则不合法。

详细分析：

1. 合同约定：

   • 首先，需要查看甲方公司与乙方公司之间签订的合同，特别是关于人员考核、扣款以及赔偿责任等方面的条款。
   • 如果合同中明确规定了乙方公司人员日常考核的标准、扣款的方式以及管理人员需要承担赔偿的情况，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么甲方公司按照合同约定进行扣款并要求赔偿是合法的。

2. 劳动法规：

   • 劳动法规对用人单位的扣款行为有一定的限制，例如，不能随意克扣劳动者的工资，扣款必须有明确的依据和合理的理由。
   • 如果甲方公司的扣款行为违反了劳动法规的相关规定，如没有明确的扣款依据、扣款数额不合理或未经劳动者同意等，那么该扣款行为就是不合法的，乙方公司管理人员也无需承担赔偿责任。

3. 扣款行为的合理性：

   • 除了合同约定和劳动法规外，还需要考虑扣款行为的合理性。
   • 如果甲方公司的扣款行为是基于合理的考核标准和公正的评估结果，且扣款数额与考核结果相匹配，那么该扣款行为可能是合理的。
   • 如果扣款行为缺乏公正性、透明度或存在其他不合理之处，那么乙方公司有权对扣款行为提出质疑，并要求甲方公司提供合理的解释和依据。

综上所述：甲方公司对乙方公司人员日常考核扣款并要求管理人员承担赔偿的合法性取决于具体的合同条款、劳动法规以及扣款行为的合理性。建议双方在处理此类问题时，首先查阅相关合同和法规，确保行为的合法性；同时，也要注重沟通的顺畅和问题的解决，以维护双方的合作关系。如果你有更具体的情况或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。