申通自离的员工仍然有权利获得其已工作期间的工资，包括剩余的13天工资。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这意味着，无论员工是主动离职还是被解雇，只要其已经提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬。

二. 工资计算方式

对于自离员工的工资计算，通常是根据其在用人单位的实际用工天数来确定。具体计算方式可能因公司政策而有所不同，但一般来说，如果员工与公司约定了月薪，那么其当月工资可以通过以下公式计算：

[当月工资 = \frac{月工资收入}{月计薪天数} \times 实际出勤天数]

其中，月计薪天数通常按21.75天计算（根据《劳动和社会保障部关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》）。

三. 自离可能带来的影响

虽然自离员工有权获得工资，但自离行为可能会对员工未来的职业发展产生一定的影响。例如，过于频繁的自离可能会对员工的职业声誉造成损害，导致在未来的求职过程中遭遇困难。此外，自离也可能影响员工享受某些福利待遇，如失业保险等。

四. 建议

我建议申通自离的员工在离职前与公司进行充分沟通，了解工资结算的具体流程和时间，并确保自己的权益得到保障。如果公司拒绝支付剩余的工资，员工可以向当地的劳动行政部门投诉，或者通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，申通自离的员工仍然有权利获得其已工作期间的工资，包括剩余的13天工资。如果公司拒绝支付，员工可以依法维护自己的权益。