员工发生工伤扣绩效是不合法的。下面我将从法律角度和实际情况对此进行详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》第四十条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变。这里的“原工资福利待遇”明确包含了绩效工资。

2. 绩效工资的性质：

   • 绩效工资是对员工努力工作与业绩成果的奖励，其发放应基于员工的工作表现，而非员工的健康状况。
   • 在工伤期间，员工由于不可抗力的原因暂停工作，无法完成预期工作成果，但这并非员工的主观原因造成的。因此，扣发绩效工资对工伤职工来说显然不公平，也有悖于工伤保险制度的本意。

3. 公司的做法：

   • 如果公司在员工工伤期间扣绩效，这种行为很可能构成对员工权益的侵害。
   • 公司应当继续支付员工在停工留薪期内的原工资福利待遇，包括绩效工资。

4. 员工的维权途径：

   • 当员工遇到公司扣绩效的情况时，可先尝试与公司协商，向公司说明法律规定，要求其恢复绩效待遇。
   • 如果协商没有达成满意结果，员工可以向劳动监察部门进行投诉，由劳动监察部门介入调查。
   • 员工也能申请劳动仲裁，劳动仲裁机构会结合具体情况，对公司扣绩效行为的合法性进行审查。一旦认定公司扣绩效的行为违法，仲裁机构会责令公司改正，以此保障员工应得的绩效权益。

综上所述，员工发生工伤时，公司扣绩效是不合法的。员工有权要求公司继续支付原工资福利待遇，包括绩效工资。如果公司拒绝支付，员工可以通过协商、投诉或劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。