当您离职后发现工资被公司扣除，想要回被扣的工资并了解扣除理由时，可以按照以下步骤操作：

一、与公司进行沟通

首先，建议您主动与公司的人力资源部门或财务部门取得联系，明确告知他们您注意到工资被扣除的情况，并表达您希望了解具体扣除理由的意愿。在沟通过程中，您可以提醒公司，根据《劳动合同法》等相关法律规定，员工正常工作所得工资应足额发放，任何扣除都需要有明确的理由和依据。

二、要求公司说明扣工资的具体理由

在与公司沟通时，务必要求他们提供详细的扣工资理由和计算依据。如果公司能够给出合理的解释和证据，您可以根据情况决定是否接受。如果公司无法提供充分的理由或拒绝说明，那么您可以进一步采取行动来维护自己的权益。

三、收集相关证据

如果与公司沟通无果，您需要开始收集相关证据来支持自己的主张。这些证据包括但不限于：

1. 劳动合同：它能证明您与公司之间的劳动关系以及工资约定。
2. 工资条：可以明确显示您的工资数额以及被扣除的部分。
3. 考勤记录：反映您的工作出勤情况，证明您已经按照约定履行了工作职责。
4. 离职证明：作为您离职的重要凭证。

四、向劳动监察部门投诉

收集好证据后，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，一旦查证公司存在违规扣工资的情况，会责令公司支付工资，并可能对公司进行相应的处罚。

五、申请劳动仲裁

如果劳动监察部门的处理结果无法让您满意，或者公司拒绝履行劳动监察部门的决定，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，您需要提交详细的仲裁申请书以及上述收集的证据。仲裁庭会依据双方提供的证据和陈述进行裁决。

六、向法院提起诉讼

如果您对仲裁结果不服，除法律另有规定外，您可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院将依法进行审理，并作出最终判决。

总之，当您离职后发现工资被扣除时，务必保持冷静，按照上述步骤逐步操作，以维护自己的合法权益。同时，也建议您在以后的工作中注意保留相关证据，以备不时之需。