针对企业发现员工有乙肝的情况，处理方式需要严格遵循相关法律法规，确保公平、公正对待员工，并维护其合法权益。以下是对此问题的详细解答：

一、明确法律法规

首先，企业需要明确的是，根据《就业促进法》以及劳动保障部和卫生部联合下发的《关于维护乙肝表面抗原携带者就业权利的意见》，除国家法律、行政法规和卫生部规定禁止从事的易使乙肝扩散的工作外，用人单位不得以劳动者携带乙肝表面抗原为由，拒绝招用或辞退乙肝表面抗原携带者。这意味着，仅仅因为员工携带乙肝病毒，并不能成为企业辞退员工的合法理由。

二、合理安排与处理

1. 保护员工隐私：企业应当尊重员工的隐私权，对员工的乙肝状况进行保密处理，避免信息泄露给员工带来不必要的困扰和歧视。

2. 评估工作性质：对于携带乙肝病毒的员工，企业应评估其从事的工作是否属于易使乙肝扩散的岗位。如果不属于此类岗位，企业应继续留用该员工，并确保其工作条件和待遇不受影响。

3. 提供必要支持：企业可以为员工提供必要的医疗支持和健康指导，帮助其更好地管理健康状况，同时确保工作环境的安全和卫生。

三、应对员工疑虑与歧视

1. 加强沟通：企业应与员工进行充分沟通，解释相关法律法规和政策，消除员工的疑虑和误解。

2. 反对歧视：企业应明确反对任何形式的就业歧视，包括基于乙肝状况的歧视。对于存在的歧视行为，企业应及时制止并严肃处理。

3. 营造公平环境：企业应努力营造公平、公正的就业环境，确保所有员工都能得到平等对待和尊重。

四、法律救济途径

如果企业因员工携带乙肝病毒而采取不当处理措施，如辞退员工等，员工有权向劳动监察部门投诉或向劳动仲裁部门申请劳动仲裁。在必要时，员工还可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

综上所述，企业在发现员工有乙肝时，应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保员工的合法权益得到妥善保护。同时，企业应积极营造公平、公正的就业环境，促进员工的健康与和谐发展。