店长在不同的两个店上班是否违法，主要取决于其具体的行为性质和劳动合同约定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 不违法的情况：

   • 如果店长在两个店的工作是兼职性质，且得到了雇主的明确同意，同时没有违反任何劳动合同中的排他性条款或竞业禁止条款，那么这种行为通常是不违法的。
   • 如果店长在两个店的工作是出于公司内部的调动或轮岗安排，且符合公司的规章制度和劳动合同约定，那么同样也不构成违法。

2. 可能违法的情况：

   • 如果店长在未得到雇主同意的情况下，同时在两个店全职工作，且这种行为违反了劳动合同中的相关条款，如排他性服务条款，那么这种行为可能构成违约，甚至可能触犯劳动法相关规定。
   • 如果店长在两个店的工作涉及商业秘密或竞业禁止，且未得到相应授权或同意，那么这种行为可能构成对商业秘密的侵犯或违反竞业禁止义务，从而触犯相关法律。

3. 处罚方式：

   • 如果店长的行为构成违约，雇主可以根据劳动合同的约定，要求其承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
   • 如果店长的行为触犯了劳动法或相关法规，那么可能会面临行政处罚，如罚款、警告等，甚至可能构成犯罪，需要承担刑事责任。

综上所述，店长在不同的两个店上班是否违法，需要具体问题具体分析。建议店长在从事此类行为前，仔细审查自己的劳动合同和公司规章制度，确保自己的行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。