针对一家店存在两个违法行为的情况，处理方式需结合违法性质、法律关系及执法主体综合判断。以下是具体分析：
若两个违法行为由同一执法部门管辖且存在关联性
例如：餐饮店同时存在“未取得食品经营许可证”和“使用过期食材”的行为，均属市场监管部门管辖。此时执法部门会：
- 合并调查：对两个违法行为一并取证，查明违法事实、主观过错程度及社会危害性；
- 分别处罚：根据《行政处罚法》第二十九条，对每个违法行为独立定性并处罚，但若符合“一事不再罚”原则（如一个行为违反多个法条但本质相同），则按较重条款处罚；
- 合并执行：若处罚种类不同（如罚款+没收违法所得），可合并执行；若种类相同（如两个罚款），则按限额总和处罚。
若两个违法行为由不同执法部门管辖或无关联性
例如：店铺同时存在“消防通道堵塞”（消防部门管辖）和“未按规定缴纳社保”（人社部门管辖）。此时：
- 分案处理：各执法部门独立立案调查，分别作出行政处罚决定；
- 协同执行：若处罚涉及停业整顿等共同措施，需协调执行时间，避免对经营者造成过度影响；
- 信用联合惩戒：若违法行为均被认定为“严重失信”，可能面临多部门联合限制（如限制贷款、政府采购资格等）。
若违法行为构成犯罪
例如：店铺销售假冒注册商标的商品（行政违法）且数额巨大（刑事犯罪），此时：
- 行政移送：市场监管部门发现犯罪线索后，应立即将案件移送公安机关，并附证据材料；
- 刑事优先：公安机关立案后，行政处罚程序中止，待刑事判决后根据结果处理（如罚金与行政罚款折抵）；
- 数罪并罚：若店铺同时存在其他独立犯罪行为（如非法经营罪），由法院合并审理并处罚。
建议：若您是店铺经营者，收到多个处罚通知时，应：
- 核对处罚主体是否具有管辖权；
- 申请听证或复议，对违法事实认定、法律适用提出异议；
- 主动整改并提交证据，争取从轻或减轻处罚。
如有具体案情（如违法类型、处罚内容等），可进一步向我说明，我会结合《行政处罚法》《刑法》及相关司法解释为您详细分析。