市场监管部门对两年内出现三次违法行为的商家，通常会根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度，依法采取从重处罚、列入严重违法失信名单等措施。具体处理方式如下：

1. 从重处罚：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十八条的规定，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。但是，如果商家在两年内出现三次违法行为，且每次违法行为都独立构成行政处罚的条件，市场监管部门可以分别对每次违法行为进行处罚。
   • 在多次违法的情况下，市场监管部门通常会考虑从重处罚，以体现对屡教不改行为的严厉打击。从重处罚可能包括更高的罚款金额、更长的停业整顿期限等。

2. 列入严重违法失信名单：

   • 根据《市场监督管理严重违法失信名单管理办法》的相关规定，如果商家存在多次违法行为，且情节严重，市场监管部门可以将其列入严重违法失信名单。
   • 列入严重违法失信名单后，商家将面临一系列限制措施，如被列为重点监管对象、在审查行政许可、资质、资格、委托承担政府采购项目、工程招投标时作为重要考量因素等。

3. 其他可能的处罚措施：

   • 除了上述两种主要措施外，市场监管部门还可以根据具体情况，对商家采取其他处罚措施，如没收违法所得、责令停产停业、吊销许可证等。
   • 如果商家的违法行为构成犯罪，市场监管部门还将依法将其移送司法机关追究刑事责任。

行动建议：

• 商家应严格遵守法律法规：商家应加强对相关法律法规的学习，确保自身经营活动合法合规，避免出现违法行为。
• 积极配合市场监管部门的调查：如果商家被市场监管部门调查，应积极配合，如实提供相关证据和信息，以便市场监管部门准确判断违法行为的性质和情节。
• 及时整改并消除影响：如果商家确实存在违法行为，应及时整改并消除影响，以减轻可能面临的处罚。

如果您作为商家或消费者，在市场监管方面遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。