关于市政工程工期超过合同工期，结算时财局是否会按合同进行扣钱的问题，这主要取决于合同的具体条款以及相关法律法规的规定。以下是我从专业角度给出的分析：

结论前置： 市政工程工期超过合同工期，结算时财局是否会按合同扣钱，需具体查看合同条款及法律规定。若合同中有明确约定超期扣款条款，且该条款不违反法律法规，则财局有权按合同扣钱；若合同无明确约定或约定违反法律法规，则财局不能随意扣钱。

分析说明：

1. 合同条款的审查：

   • 首先，需要仔细审查市政工程合同中关于工期的约定，特别是是否有关于超期扣款的明确条款。
   • 如果合同中明确规定了超期扣款的金额、方式及条件，且这些条款不违反相关法律法规，那么财局在结算时是有权按照合同约定进行扣款的。

2. 法律法规的考量：

   • 除了合同条款外，还需要考虑相关法律法规的规定。例如，《中华人民共和国合同法》等法律对于合同违约、扣款等事项有明确规定。
   • 如果合同条款与法律法规相冲突，或者合同条款本身存在违法之处，那么财局就不能简单地按照合同条款进行扣款，而需要遵循法律法规的规定来处理。

3. 实际情况的判断：

   • 在具体实践中，还需要考虑工期延误的原因、责任归属等因素。如果工期延误是由于不可抗力、发包方原因等导致的，那么承包方可能无需承担违约责任，财局也就不能随意扣款。
   • 另外，即使合同中有超期扣款条款，也需要根据实际情况进行合理判断，确保扣款的合法性和合理性。

综上所述，市政工程工期超过合同工期时，结算时财局是否会按合同扣钱，需要综合考虑合同条款、法律法规以及实际情况等多个因素。因此，建议你在遇到此类问题时，仔细审查合同条款和相关法律法规，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果你有任何进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。