申请退税时上家单位未支付工资，应首先核实工资发放与个税申报情况，再采取法律措施维权。针对这一问题，可以从以下几个方面进行处理：

一. 核实工资发放与个税申报情况

1. 核实工资发放：通过查询银行账户记录、与上家单位的人力资源部门或财务部门沟通，确认工资是否确实未发放。
2. 核实个税申报：登录税务系统查看个税申报记录，确认个税是否已经申报。

二. 与上家单位协商解决

1. 沟通了解情况：与上家单位沟通，了解工资未发放的具体原因。
2. 要求发放工资：要求上家单位尽快发放工资，并明确发放时间。
3. 协商达成协议：如上家单位存在困难或合理解释，可协商达成延期发放工资的协议，并确保协议中明确新的发放时间和违约责任等条款。

三. 采取法律措施维护权益

1. 投诉举报：如上家单位无合理解释且拒绝发放工资，可向当地劳动监察部门投诉举报，要求其介入调查并责令上家单位发放工资。
2. 申请劳动仲裁或提起诉讼：依据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径追讨被拖欠的工资。

四. 处理个税退税事宜

1. 准备退税申请材料：如因工资未发放而导致多缴了个税，需准备相关的证明材料，如工资未发放的证明、个税缴纳记录等。
2. 提交退税申请：通过官方渠道下载并登录个人所得税app，按照综合所得年度汇算的提示，逐步完成退税申请。
3. 关注退税申请进度：提交退税申请后，可在个人所得税app中查看退税申请进度，如长时间未到账，及时联系税务机关咨询处理情况。

五. 保留证据并咨询专业法律意见

1. 保留证据：在整个处理过程中，务必保留好所有相关的证据材料，如与上家单位的沟通记录、工资发放记录、个税申报记录等。
2. 咨询专业法律意见：如遇复杂情况或法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体的法律指导和帮助。

综上所述，面对申请退税时上家单位未支付工资的情况，应首先核实情况，再尝试协商解决，必要时采取法律措施维护自身合法权益。同时，关注个税退税事宜的处理，并保留好相关证据以备不时之需。如有进一步需要，您可以继续咨询我。