离职协议应当加盖公司公章而非合同专用章。下面我将从多个角度为您详细解释这一结论：

1. 公章的法律效力：

   • 公章是公司对外行使权力的象征，能代表公司的整体意志，具有最高的法律效力。在离职协议上加盖公章，可以确保协议的正式性和有效性。

2. 合同专用章的使用范围：

   • 合同专用章主要用于签订企业间的正式合同，代表企业在合同范围内享有权利和承担责任。其使用范围具有特定性，通常不用于离职证明等人事相关文件。

3. 离职协议的性质：

   • 离职协议是员工与原用人单位解除或终止劳动关系的重要文件，需要体现公司的正式和严谨态度。因此，加盖公章更符合离职协议的性质和要求。

4. 避免潜在风险：

   • 如果使用合同专用章加盖离职协议，可能会导致协议的效力出现瑕疵。在员工办理新的入职手续、申请失业金等需要审核离职协议有效性的事务时，可能会遭遇质疑，从而引发不必要的纠纷和风险。

综上所述，离职协议应当加盖公司公章以确保其正式性、有效性和严谨性。如果您在离职过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会为您提供专业的帮助和解答。