协议既可以用公章也可以用合同章。具体分析如下：

1. 公章与合同章的定义及效力：

   • 公章是机关、团体、企事业单位使用的印章，具有最高效力，能够代表单位的意志。
   • 合同专用章是单位在签订合同时专门使用的印章，用于确认合同双方的合意，使合同具备法律效力。

2. 协议使用公章或合同章的情况：

   • 在协议上加盖公章或合同章，均可以表明双方对协议内容的认可，并使协议生效。
   • 如果协议中没有特别约定必须使用特定印章，或者法律法规没有专门规定印章的使用，那么双方可以自行选择合适的印章来签署协议。

3. 实际运用中的考虑：

   • 虽然公章和合同章在法律效力上没有本质区别，但在实际运用中，单位可能会根据具体情况和需要来选择使用哪种印章。
   • 例如，对于重要的合同或协议，单位可能会更倾向于使用公章来确保其效力；而对于一般的合同或协议，使用合同章可能更为便捷。

综上所述，协议既可以用公章也可以用合同章来签署，具体选择哪种印章取决于双方的约定和实际情况。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。