协议上既可以盖合同章，也可以盖公章，两者均具备法律效力，但具体选择需根据公司规定和实际情况来决定。以下是对这一问题的详细分析：
公章的法律效力与适用场景
法律效力：公章是法人权利的象征，代表着公司的整体意志和最高权威。在协议上加盖公章，表明该内容是公司正式、官方的意思表示，具有极高的法律认可度和权威性。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，加盖公章的协议，只要合同本身符合法律规定的生效要件，即具备法律效力。
适用场景：公章适用于公司的重要文件、证明材料以及各类协议等，其适用范围广泛。对于重要的协议或文件，公司可能会更倾向于使用公章以体现其正式性和权威性。
合同章的法律效力与适用场景
法律效力：合同章是专门用于签订合同的印章，使用范围相对特定。在协议上加盖合同章，同样可以表明公司对合同的认可和承诺。合同章在法律上与公章具有相同的效力，只要印章真实有效且符合相关法律法规的规定，合同即具有法律效力。
适用场景：合同章主要用于公司对外签订的各类合同协议，以突出合同签订行为的专业性和针对性。在一些大型企业或合同签订频繁的环境中，为便于管理和区分，公司可能会倾向于使用合同章处理合同事务。
实际操作中的注意事项
公司规定：公司应根据自身习惯和管理规定来决定使用公章还是合同章。规模较小、业务单一的公司可能统一使用公章；而大型企业则可能因管理需要而使用合同章。
印章真实有效：无论选择哪种印章，都必须确保其真实有效。虚假或无效的印章将严重影响协议的法律效力。因此，在盖章前，务必确认印章的真实性和有效性。
对方要求：在盖章前，还应关注对方对盖章的要求。如果对方对盖章有明确规定，应严格遵守，以确保双方对协议的有效性没有异议。
法律建议
明确规定：公司应在内部管理制度中明确规定各类印章的使用范围和权限，并确保相关人员对印章的使用和管理有清晰的了解和严格的执行。
仔细审查：在签订协议时，应仔细审查协议内容，确保其合法有效。同时，也要关注协议中的盖章要求，以确保所选印章符合协议规定。
妥善保管：妥善保管好已签订的协议和相关文件，以备不时之需。如有任何疑问或争议，建议及时向我咨询以获取更准确的信息和法律意见。
综上所述，协议上盖公章或合同章均可，但需根据公司规定和实际情况做出选择。关键在于确保所选印章的真实有效性，并遵循相关法律法规和公司规定，以保障协议的法律效力和双方的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。