借款协议上既可以盖公章，也可以盖合同章，两者在法律上均具有效力，但具体使用哪种章需根据公司的规定和实际情况来决定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 公章与合同章的法律效力：

   • 公章：是公司处理内外部事务的印鉴，代表了公司的正式意志和最高权力。在借款协议上加盖公章，意味着公司正式承认并同意该协议的内容，具有极高的法律效力。
   • 合同章：是专门用于签订合同的印鉴，它表明公司愿意就合同中的条款与对方达成协议，并承担相应的法律责任。在借款协议上加盖合同章，同样具有法律效力，表明公司愿意按照协议约定履行借款和还款义务。

2. 使用公章还是合同章的考虑因素：

   • 公司规定：不同公司可能有不同的内部规定，关于在何种文件上使用公章或合同章。因此，在签订借款协议前，应先了解公司的相关规定。
   • 交易习惯：在某些行业或地区，可能存在特定的交易习惯或惯例，关于使用公章还是合同章。遵循这些习惯或惯例有助于维护良好的商业关系。
   • 协议重要性：如果借款协议涉及金额较大、期限较长或条款较为复杂，使用公章可能更能体现公司的重视和正式态度。

3. 实际操作建议：

   • 确认公司规定：在签订借款协议前，先确认公司关于印章使用的规定，确保使用正确的印章。
   • 咨询法律意见：如果对使用公章还是合同章存在疑问，可以咨询专业律师的意见，以确保协议的法律效力。
   • 保留印章使用记录：无论使用公章还是合同章，都应妥善保留印章使用记录，以备后续查证和审计。

4. 法律后果：

   • 如果借款协议上加盖了有效的公章或合同章，且协议内容合法合规，那么该协议将对公司产生法律约束力。公司应按照协议约定履行借款和还款义务，否则可能面临法律诉讼和赔偿责任。
   • 如果借款协议上加盖的印章无效（如伪造、过期等），或者协议内容存在违法违规情况，那么该协议可能无法对公司产生法律约束力。此时，公司应谨慎处理相关事宜，避免陷入法律纠纷。

总结来说，借款协议上既可以盖公章也可以盖合同章，具体使用哪种章需根据公司的规定和实际情况来决定。在签订借款协议前，应先了解公司的相关规定和交易习惯，并咨询专业律师的意见以确保协议的法律效力。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。