在未成年人与其父亲均为案件当事人的情况下，对未成年人制作询问笔录时，其父亲一般不能陪同。下面我将对此进行详细解释：

法律背景与依据

在刑事诉讼程序中，询问笔录是侦查机关为了查明案情，对犯罪嫌疑人、被害人或者证人进行询问时所作的记录。对于未成年人，由于其心智尚未完全成熟，可能更容易受到外界因素的影响，因此，在对其进行询问时，需要特别注意保护其合法权益。

具体分析

1. 独立性原则：

   • 询问笔录的目的是为了获取真实的案情信息，如果允许未成年人的父亲陪同，可能会因为父亲的存在而影响未成年人的陈述，甚至可能导致未成年人受到父亲的引导或干预，从而无法真实反映案情。

2. 保护未成年人权益：

   • 未成年人在刑事诉讼中享有特殊的保护，包括隐私保护、心理保护等。允许父亲陪同可能会侵犯未成年人的隐私，或者给未成年人带来额外的心理压力。

3. 法律程序规定：

   • 根据相关法律规定，侦查机关在对未成年人进行询问时，应当通知其法定代理人或者合适成年人到场，但这里的“到场”并不等同于“陪同”。法定代理人或合适成年人的主要作用是监督询问过程，确保未成年人的合法权益不受侵犯，而不是直接参与询问或陪同未成年人陈述。

特殊情况说明

虽然一般情况下父亲不能陪同，但在某些特殊情况下，如未成年人情绪极度不稳定、需要特殊照顾等，侦查机关可能会根据具体情况，在保障询问真实性和合法性的前提下，采取适当的措施，包括允许父亲在适当距离内等候或通过其他方式给予未成年人必要的支持和安慰。

结论与建议

综上所述，未成年人与其父亲均为案件当事人时，在对未成年人制作询问笔录时，其父亲一般不能陪同。这是为了保障询问的真实性和合法性，以及保护未成年人的合法权益。如果家长对询问过程有疑虑或担忧，可以向侦查机关提出，要求安排合适成年人到场监督，或者通过其他合法途径维护未成年人的权益。