当合作协议被认定为劳务合同时，这通常意味着该协议在实际履行中具备了劳动关系的本质特征，而不仅仅是一种简单的合作或业务往来。这种情况下，双方的权利和义务将受到劳动法律法规的约束，而非仅仅依据合作协议中的条款。
首先，我们需要明确合作协议与劳动合同之间的区别。合作协议通常是两个或多个平等主体之间为了共同的目标或利益而签订的一种协议，它并不具备劳动关系的法律特征。而劳动合同则是用人单位与劳动者之间明确劳动关系、权利和义务的协议，它包含了工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、休息休假等必备条款。
当合作协议被认定为劳务合同时，可能是因为该协议在实际履行中出现了以下情况：
主体资格：一方为用人单位，另一方为劳动者，且双方均符合法律规定的主体资格。
协议内容：合作协议中包含了劳动合同必备条款，如工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、休息休假等，这使得该协议在实质上更接近于劳动合同。
实际履行：在实际履行过程中，双方存在管理与被管理关系，如用人单位对劳动者进行考勤管理、工作指挥安排等，这种从属关系也是劳动关系的一个重要特征。
如果合作协议被认定为劳务合同，那么双方的权利和义务将按照劳动法律法规进行调整。对于用人单位来说，需要依法履行用人单位的责任，如支付劳动报酬、提供劳动保护、缴纳社会保险等。对于劳动者来说，则享有劳动法规定的各项权利，如休息休假、劳动报酬、劳动安全卫生等。
因此，如果合作协议被认定为劳务合同，建议双方及时调整关系，明确各自的权利和义务，以避免可能的法律纠纷。同时，也可以咨询专业法律人士，以便更好地理解和应对这一变化带来的法律后果。