针对“小三把钱还给了法院怎么处理”的问题，首先需要明确的是，小三还钱给法院通常是在法律程序中进行的一种行为，比如原配起诉小三要求返还通过不正当关系获得的财产，小三在法律判决或和解协议下将钱款还给原配或通过法院进行交付。以下是对这一问题的详细解答：
一、小三还钱给法院的情形
法院判决下的还款：
- 如果原配已经起诉小三，并且法院作出了判决，要求小三返还通过不正当关系获得的财产，那么小三需要按照判决来履行还款义务。
- 在这种情况下，小三可以将钱款直接交给法院，由法院转交给原配，或者按照法院指定的方式进行交付。
和解协议下的还款：
- 在某些情况下，原配和小三可能会达成和解协议，约定小三返还一定数额的钱款以了结纠纷。
- 小三可以根据和解协议将钱款交给法院，作为履行协议的一部分，由法院进行确认和转交。
二、法院如何处理小三还的钱
确认还款：
- 法院会首先确认小三的还款行为是否真实有效，包括还款的数额、方式等是否符合判决或和解协议的要求。
转交原配：
- 如果还款行为合法有效，法院会将钱款转交给原配，或者通知原配前来领取。
结案处理：
- 在确认小三已经履行了还款义务后，法院会对案件进行结案处理，标志着纠纷的解决。
特殊情况处理：
- 如果小三的还款存在问题，如不完全履行、履行方式不合法等，法院会根据具体情况进行审查和处理，可能会要求小三继续履行还款义务，或者对双方的权利义务关系进行重新调整。
三、后续可能涉及的问题
原配是否还能起诉：
- 如果小三已经履行了还款义务，且不存在其他争议情形，原配一般不能再就同一事实进行起诉。
- 但如果还款存在问题，原配仍然有权向法院提起诉讼，要求解决争议。
道德与社会舆论：
- 尽管法律程序已经解决，但“小三”行为仍然会受到道德和社会舆论的谴责。
- 双方应当反思自己的行为，尊重婚姻关系的神圣性，遵守法律法规和道德规范。
综上所述，小三把钱还给法院后，法院会根据具体情况进行确认、转交和结案处理。双方应当尊重法律判决和和解协议，履行自己的义务，以维护法律的权威和尊严。同时，也应当加强道德教育，树立正确的价值观，避免类似纠纷的发生。