核心结论：小三把钱还给男方后，具体如何处理需结合款项性质、双方关系及法律规定综合判断，以下分情况说明：

1. 若款项属于男方个人财产或夫妻共同财产中男方份额
   若小三归还的款项原本属于男方个人财产（如婚前存款、个人工资等），或夫妻共同财产中男方应得的部分（如男方婚内通过继承、赠与明确只归其所有的财产），则男方有权自由处分该款项。此时：

   • 若男方与配偶未离婚，建议双方协商处理该款项的用途（如存入共同账户、用于家庭开支等），避免因财产归属问题引发后续纠纷；
     
   • 若男方已离婚，该款项归男方个人所有，其可自行决定如何使用（如投资、消费等），但需注意若离婚协议或判决中已对该财产作出分配，需按约定履行。

2. 若款项属于夫妻共同财产且男方无权单独处分
   若小三归还的款项属于夫妻共同财产（如男方婚内工资、经营收益等），且男方在婚姻关系存续期间擅自将该财产赠与小三，则该赠与行为可能因损害配偶利益而被认定无效。此时：

   • 根据《民法典》第1062条，夫妻对共同财产有平等处理权，男方无权单独处分大额共同财产；
     
   • 若配偶已通过诉讼确认赠与无效并要求小三返还财产，小三归还后，该款项应作为夫妻共同财产由双方共同管理或分割（具体比例需结合双方贡献、过错等因素协商或诉讼确定）；
     
   • 若配偶未起诉但发现男方擅自处分财产，可要求男方说明款项去向，并协商补充协议或通过婚姻财产约定公证等方式明确财产归属。

3. 若款项涉及其他法律关系（如借款、投资款等）
   若小三与男方之间存在借款、投资等法律关系（如男方曾向小三借款后归还，或双方共同投资后结算），则需根据具体法律关系处理：

   • 若是借款，小三归还后，双方债权债务关系消灭，男方无需再向小三履行还款义务；
     
   • 若是投资款，需根据投资协议或合作合同约定分配收益或承担亏损，归还的款项可能包含本金及部分收益，需按约定处理；
     
   • 若涉及非法目的（如赌博、洗钱等），则该款项可能被认定为非法所得，需依法没收或追缴，双方均可能面临法律责任。

温馨提示：财产处理需结合具体证据（如转账记录、聊天记录、财产来源证明等）及法律关系判断，建议男方或其配偶在处理前保留相关证据，并咨询专业律师协助分析，避免因操作不当引发新的纠纷。若有进一步疑问，可直接向我提问。