基于增资协议与股权转让协议发生的股权回购可否同案审理，并无明确的法律规定，需要具体分析案件情况，由法院判断是否可以合并审理。

1. 法律原则：在诉讼中，是否可以将基于不同合同（如增资协议和股权转让协议）产生的纠纷合并审理，主要取决于这些纠纷之间是否存在法律上的牵连关系，以及合并审理是否有助于提高诉讼效率、避免矛盾判决等。一般来说，如果两个或多个纠纷之间存在紧密的法律联系，且合并审理不会造成诉讼程序上的混乱，那么法院有可能会考虑合并审理。

2. 增资协议与股权转让协议的关系：增资协议和股权转让协议虽然都涉及股权的变动，但它们是两个独立的合同，分别规范了不同的法律关系和权利义务。增资协议主要关注的是投资者向公司增加投资、获取股权的条件和程序；而股权转让协议则关注的是股权在股东之间的转让条件和程序。因此，从合同性质上看，两者并不具有必然的法律牵连关系。

3. 股权回购的特殊性：股权回购可能基于多种原因和协议发生，如公司章程的规定、股东之间的约定、公司解散清算等。如果股权回购是基于增资协议或股权转让协议中的特定条款而发生的，那么这两个协议之间就存在了一定的法律联系。然而，这种联系是否足以构成合并审理的理由，还需要根据具体案件情况来判断。

4. 法院的判断：在实际诉讼中，法院会根据案件的具体情况，包括纠纷的性质、当事人之间的法律关系、诉讼标的的同一性或关联性等因素，来判断是否可以合并审理。如果法院认为合并审理有助于提高诉讼效率、避免矛盾判决，且不会造成诉讼程序上的混乱，那么就有可能会决定合并审理。

综上所述，基于增资协议与股权转让协议发生的股权回购是否可以同案审理，需要根据具体案件情况来判断。如果你面临这样的问题，建议详细咨询专业律师，并准备好相关证据和材料，以便律师能够更准确地为你提供法律建议。当然，你也可以直接向我咨询，我在公司法务领域有着丰富的经验和专业知识，能够为你提供有效的法律帮助。