食品行政处罚案件中，损耗是计入货值金额的。以下是对此结论的详细解释：
一、计算范围
根据《市场监管总局办公厅关于食品安全行政处罚案件货值金额计算的意见》（市监稽发〔2021〕70号），食品安全行政处罚案件货值金额是当事人实施食品安全违法行为所涉及食品的市场价格总金额。这包括已售出、已赠与、已抽样、已使用、已召回以及未售出、未赠出、未使用等全部成品，均计入成品货值金额。未付款已到库的涉案产品也应当计入货值金额。案件查处期间退货的产品的货值金额不得扣除。
二、损耗的考虑
在上述计算范围内，并未将损耗部分排除在外。因此，无论是因生产、储存、运输等原因导致的食品损耗，只要这些损耗的食品属于当事人实施食品安全违法行为所涉及的部分，其市场价格均应计入货值金额。
三、计算方式
销售价格应当以销售单、合同、价签等明示的单价计算；没有标价的，依据相关证据材料进行认定或者按照同类产品的市场价格或者平均价格计算，也可以委托法定价格认定机构确定。
四、实例说明
假设某食品生产企业因违反食品安全法规被查处，其生产的某批次食品中，有部分因质量问题被销毁，还有部分已售出但尚未收款。在计算货值金额时，这两部分食品的市场价格均应计入货值金额，不得因损耗或未收款而扣除。
综上所述，食品行政处罚案件中，损耗是计入货值金额的。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。