抚养协议双方签字按手印是有效的。只要协议内容真实、合法，体现双方的真实意愿，且不违反法律的强制性规定，那么双方签字并按手印后，该抚养协议即具有法律效力。

具体来说，根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。抚养协议作为一种特殊的合同，也遵循这一原则。在签订抚养协议时，双方应当明确变更抚养权的缘由、彼此的权利和义务、探视权等相关事宜，并确保这些内容真实、合法、有效。

同时，也需要注意，如果协议存在欺诈、胁迫等情形，或者违反了法律规定，那么该协议可能会被视为无效或者可撤销。因此，在签订抚养协议时，双方应当谨慎对待，确保协议内容真实、合法、有效，以保障自己的权益。

如果后续出现纠纷，可以通过诉讼等方式来解决。在诉讼过程中，法院将会对抚养协议的有效性进行审查，并根据实际情况作出判决。因此，在签订抚养协议时，双方应当尽可能明确、详细地约定相关内容，以避免后续出现不必要的纠纷。

总之，抚养协议双方签字按手印是有效的，但前提是协议内容真实、合法，且体现双方的真实意愿。在签订协议时，双方应当谨慎对待，确保协议内容合法有效，以保障自己的权益。